食品经营许可证的办理流程如下：

1、填写申请表并准备好个体工商户营业执照或法人登记证等主体资格证明原件或复印件、从业人员身份证复印件和健康证。

2、将原件进行核对后，提交营业执照，并制定食品安全管理制度，同时绘制店铺的平面图。还需提交缴纳税费的单据证明，以证实自己所使用的水是正规自来水公司提供的。

3、将所有相关资料提交当地市场监督管理局，包括食品流通许可申请书、名称预先核准通知书复印件、使用证明、负责人及食品安全管理人员的身份证明、经营设备及工具清单、经营设施空间布局和操作流程的文件、食品安全管理制度文本等，以及省、自治区、直辖市工商行政管理局规定的其他材料。

4、相关工作人员会对符合申请资格的申请书进行预审，并在两个工作日内提出预审意见并做出受理决定。对于符合审批条件的，相关部门可以出具食品经营许可证。如果不符合规定，则需按要求修改补正后重新受理审查。

5、若申请符合规定，食品经营者需要在规定时间内到县级及以上的地方食品药品监督管理局部门申请食品检测，并让管理人员依法对生产经营场所进行现场核查。如果符合规定条件，就会被准予许可。

6、一旦检测符合规定，即可依法取得食品经营许可证。